ich hab mir gerade den Sourcecode angeschaut, die Maximalgrösse ist an der folgenden Stelle in der Datei Profile.cpp hart einprogrammiert (3.9-rc2a):
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#define MAX_PLAYER_STATS_XML_SIZE_BYTES \
100 /* Songs */ \
* 3 /* Steps per Song */ \
* 10 /* HighScores per Steps */ \
* 1024 /* size in bytes of a HighScores XNode */
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Die Meldung sollte also eigentlich erst ab einer Dateigrösse von 3MB auftreten. Da der Wert fest definiert ist, kannst Du Deine Suche nach Konfig-Option abbrechen, es gibt keine.
Behebung ist nur durch Veränderung der Definition + Neukompilieren möglich. Evtl. könntest Du auch bei den Stepmania-Entwicklern einen Bugreport einkippen, damit sie die Maximalgrösse etwas erweitern, dann wirds vielleicht in der nächsten Version besser.
Wenn Du eine Linux-Version verwendest, könnte ich Dir eine spezielle compilieren, aber das könntest Du dann vermutlich selbst

Ciao
bean